O Hospital foi fundado em 1923. Em toda sua história, foi o hospital referência de Lins e região. No entanto, problemas administrativos passaram a ameaçar a continuidade dos serviços prestados. O poder executivo decretou uma intervenção administrativa na entidade. Ainda assim, as dificuldades continuaram. Em 14 de setembro de 2011, após insistentes pedidos dos prefeitos da região e da Secretaria de Estado de Saúde, a Associação e Fraternidade São Francisco de Assis na Providência de Deus assumiu a administração da Santa Casa.